首先，该现象是普遍存在的，归到底还是计算精度出现了问题，出现该问题存在以下可能：

1.存货核算使用了加权移动平均法、或者是批次内部加权移动平均法。

2.启用了单到冲回机制。发票反算成本时，出现了精度问题。

3.由于出入库顺序误操作，导致了计算过程中出现了数量为负数，进一步参与计算时出现计算逻辑错误。

处理方案：

1.利用成本调整单进行余额调整，切记一定要生成凭证。

2.如果计价方法可以变更，可以考虑使用更为精准的计量方法，相对而言，严格执行先进先出法、批次认定法（同批次内部多个不同记录、不进行加权平均计算时）更为精准一些。当然这就像误差现象，只能减少，不能绝对的避免。